Вопрос о создании в Хабарах историко-краеведческого музея встал в середине 80-х годов. Решением районного комитета партии был создан координационный совет в составе работников аппарата райкома партии, районного комитета ВЛКСМ, народного образования, архитекторов, членов совета ветеранов. Подготовительную работу по открытию музея в течении пяти лет вела Валентина Ивановна Орешкина. Музей был открыт 22 февраля 1989 году в здании бывшего автовокзала, построенного в 1969 году. Директором была выбрана Нина Петровна Цапко.
В музее накоплен уникальный материал, раскрывающий истоки образования района, рассказывающий о жизни людей, их быте. В настоящее время фонд музея насчитывает 5219 единиц хранения. Его основу составляют коллекции: «Археология», «Целина», «Великая Отечественная война», «Крестьянская изба», Зал природы.
Деятельность музея направлена на организацию комплектования, хранения, изучения и экспонирования музейных предметов и использования их в научных, образовательных и воспитательных целях. Ежегодно музей посещают более 5 тысяч человек. В фондах музея хранится 8315 тысяч экспонатов, действует 5 постоянных экспозиций. Проводится более 120 мероприятий, среди которых: циклы внутримузейных экскурсий, уроки мужества, дни памяти и скорби, круглые столы, музейные гостиные, квесты, мастер — классы, временные выставки и экспозиции. Традиционным мероприятием стала Музейная ночь. Предлагаются услуги по составлению исторических справок, слайдовые презентации, видеофильмы, полиграфическую продукцию непосредственно по теме музея или по близким темам.
Музей, кроме просветительской, также занимается и научной деятельностью. С 2019 года сотрудники занимаются созданием электронных каталогов исторической, научной информации об экспонатах районного краеведческого музея.
Музей развивается, принимая участие в краевых конкурсах. В 2020 музей стал победителем конкурса муниципальных музеев Алтайского края «Лучший музей года», получив денежную сумму более 400 000 рублей, направленные на приобретение экспозиционно-выставочного, компьютерного и мультимедийного оборудования.